①氨基酸臂：由7对碱基组成双螺旋区，其3′端为CCA，可结合氨基酸。 ②二氢尿嘧啶环：由8-12个核苷酸组成，有两个二氢尿嘧啶。由3-4对碱基组成双螺旋区。 ③反密码环：由7个核苷酸组成，环中部有3个核苷酸组成反密码子，能与mRNA的密码子互补结合。由5对碱基组成的双螺旋区。 ④额外环/附加叉：由3-18核苷酸组成，不同tRNA具有不同大小的额外环，是tRNA分类的重要指标。 ⑤胸苷假尿苷胞苷环/TΨC环：由7个核苷酸组成，通过5对碱基组成双螺旋区。
三叶草上部由OH与P构成识别蛋白结构，草叶上rna通过碱基识别形成拓扑结构，下端则由三个碱基组成，用于翻译合成蛋白质。
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