食品的菌落总数超标，可能是其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质，使食品失去食用价值。食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，可能引起呕吐、腹泻等症状，危害人体健康安全。但需要强调的是，菌落总数和致病菌有本缉敞光缎叱等癸劝含滑质区别，菌落总数包括致病菌和有益菌，对人体有损害的主要是其中的致病菌，这些病菌会破坏肠道里正常的菌落环境，一部分可能在肠道被杀灭，一部分会留在身体里引起腹泻、损伤肝脏等身体器官，而有益菌包括酸奶中常被提起的乳酸菌等。但菌落总数超标也意味着致病菌超标的机会增大，增加危害人体健康的几率。
可以用先进的电子射线灭菌，这种灭菌方式不拆外箱不升温不添加任何化学物绿色环保，可以调节不同的强度杀灭不同含量的各类微生物，可以节省返工成本，保障产品安全
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