可以申请主审法官回避，但回避申请要符合规定。
从法官回避事项规定，一是你在开庭前可申请法官回避，二是在法院开庭中可申请法官回避，是否准许必须经院长或审判委员会同意。就你所述的情况，若你没有法定事由，即审理已经结束的情况下，人民法院是不会准许的。若你认为法官与另一方当事人有利害关系，你完全可以举证进行举报或向法院院长提出。
第四十四条审判人员有下列情形之一的，应当自行回避，当事人有权用口头或者书面方式申请他们回避：
（一）是本案当事人或者当事人、诉讼代理人近亲属的；
（二）与本案有利害关系的；
（三）与本案当事人、诉讼代理人有其他关系，可能影响对案件公正审理的。
审判人员接受当事人、诉讼代理人请客送礼，或者违反规定会见当事人、诉讼代理人的，当事人有权要求他们回避。
审判人员有前款规定的行为的，应当依法追究法律责任。
前三款规定，适用于书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人。
《刑事诉讼法》第二十八条，也有同样的规定。
参考资料
第五届全国人大.刑事诉讼法.北京法院：第五届全国人大，1995
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