霉菌属于真菌,是一种真核生物,因此霉菌的菌丝中有细胞核。而放线菌则是一种原核生物,其细胞内没有真正的核。
霉菌的菌落有浓厚的毛茸茸的菌丝，显微镜下（40倍物镜）菌丝比较粗大，而且有横隔，能看到细胞内部结构，10倍物镜就能看清菌丝的轮廓。放线菌是丝状细菌，菌落有干干的类似霉菌的菌丝，但是比霉菌细小的多，也需要油镜100倍物镜）才能看清楚轮廓，看不到细胞内部结构。
