netstat -ano 查下哪个进程占用了该端口，然后拿它的pid去任务管理器里比对；
telnet 该端口看看显示什么内容；
看看services.msc（服务管理器）里面有没有可疑的自启动服务；
实在不行进安全模式看看有没有占用…如果没有，选择启动，把启动项一个一个钩上、重启，找出是哪个启动项导致的…
我也是这样，一直提示1099被占用，但是用cmd查看却没有进程占用。
我试着修改http port和JMX port之后调用tomcat成功。但不知道原因。
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