能说一下你这样酶切的目的么？40bp和36bp的条带，只相差4个bp，基本上在琼脂糖胶上就不用考虑分清楚了。最好使用聚丙烯酰胺凝胶，很多用变性聚丙烯酰胺凝胶，可以分离到碱基数相差很少的条带，而某些变性梯度聚丙烯酰胺胶，甚至能分辨只相差一个碱基的核酸。
所以如果你一定要分清40和36bp的带，就用聚丙烯酰胺试试。
你这是干吗用？需要进一步的胶回收、连接、转化吗？
如果就是为了看看电泳结果。有两个办法：
第一，我看你用的应该是琼脂糖电泳。加大琼脂糖浓度
第二，该店用，使用PAGE，大板连几个bp都能区分开，非常漂亮
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