因为cDNA是由成熟mRNA逆转录而成的。成熟mRNA是由基因组DNA转录并加工而成的，DNA转录的时候是不会把启动子也转录的，转录起始位点都在启动子下游。至于没有内含子，是因为（真核）mRNA成熟的过程中剪接体（也就是一系列核内小分子核糖核蛋白snRNPs）会把前体mRNA的内含子切下来（当然也有部分前体mRNA的内含子本身是核酶，自己把自己切下来的），再把外显子拼接成成熟mRNA（当然完全成熟还差一步3’端多聚腺苷酸化，所以真核的cDNA总有一端是polyA）。
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