华侨大学厦门工学院设置有机械工程系、电子信息工程系、土木工程系、建筑与城市规划系、商学系、计算机科学与工程系、材料科学与工程系，音乐系等8 个院系。
开设有下列专业：材料科学与工程、高分子材料工程、复合材料与工程、环境工程、环境科学、资源环境与城乡规划管理、机械设计制造及自动化（港口机械）、热能与动力工程、材料成型及控制工程、工业工程、测控技术与仪器、物流工程、道路桥梁与渡河工程、轮机工程、交通运输、交通工程、车辆工程、汽车服务工程、通信工程、计算机科学与技术、软件工程、自动化、电子科学与技术、城市规划、市政工程、土木工程、工业设计（工）等工科专业。
国际经济与贸易、工程管理、财务管理、法学、教育技术学、外语等经、管、文、法、教育类专业。
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