问的太笼统，按照我个人理解应当有一下部分：jar配置文件，html(jsp)等页面文件，代码文件，框架配置文件（xml/js）等，还有数据库连接文件（用到数据库时需要，其实也是配置文件的一种）。你这个问题问得太宽泛太笼统。根据框架的不同，业务需要的不同，都是不一样的。
数据库，服务器软件（tomcat 等），网站程序
src源文件，配置文件，webroot下的前台文件，还要数据库导出sql结构表
