1988年开始在小南站以东修建大型编组站——长春北站，修建了团山线路所及长春北站至长白线小合隆站的长白联络线，1999年长春北站启用之后，哈大线列车均不再经由小南站运行，改为经由团山线路所——长春北站——一间堡方向运行。小南站至一间堡站部分线路被拆除，小南站成为长白线上的车站。
