A、重组DNA技术最基本的工具是限制酶、DNA连接酶和运载体，A正确；B、限制酶只能识别一种特定的核苷酸序列，并在特定位点切割磷酸二酯键，B错误；C、DNA连接酶连接的是磷酸二酯键，C错误；D、常用同种的限制性核酸内切酶处理目的基因和质粒，形成相同的黏性末端，D错误．故选：A．
