先按原子序数大小排序，原子序数大的优先，同位素中原子量重的优先；如果第一次比较原子序数相同，按外推法比较，原子序数总和大的优先。
顺序：－COOH＞－SO3H＞－COOR＞－COX＞－CN＞－CHO＞>C＝O＞－OH（醇）＞－OH（酚）＞－SH＞－NH2＞－OR＞C＝C＞－C≡C－＞（－R＞－X＞－NO2）
原子：原子序数大的排在前面，同位素质量数大的优先。几种常见原子的优先次序为：I>Br>Cl>S>P>O>N>C>H
饱和基团：如果第一个原子序数相同，则比较第二个原子的原子序数，依次类推。常见的烃基优先次序为：（CH3）3C->（CH3）2CH->CH3CH2->CH3-
在Fischer投影式中
当d基团出现在竖立键上时，由于竖立键是背向纸面，d基团刚好是位于远离观察者的方向，此时如果基团次序为a>b>c>d时，如果待标记分子的Fischer投影式中d基团是在横键上，则因这个是伸出于前方而不在远离观察者的位置上。
此时依次轮看a,b,c时，如果是顺时针方向旋转的，则代表的是R构型，反时针方向则代表S构型。这于d在竖立键上时的结论正好相反。
以上内容参考：百度百科-R-S系统命名法
次序规则
（1）原子：原子序数大的排在前面，同位素质量数大的优先。几种常见原子的优先次序为：I>Br>Cl>S>P>O>N>C>H
（2）饱和基团：如果第一个原子序数相同，则比较第二个原子的原子序数，依次类推。常见的烃基优先次序为：(CH3)3C->(CH3)2CH->CH3CH2->CH3-
（3）不饱和基团：可看作是与两个或三个相同的原子相连。不饱和烃基的优先次序为:
-C≡CH>-CH=CH2>(CH3)2CH-
（4）若与双键碳原子相连的基团互为顺反异构时，Z型先于E型。
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