食堂给饭卡充值收取的菜金怎么入账？食堂不是独立核算的。

见议您这样做：
给员工的100元/人补贴走应付职工薪酬
员工自己再掏钱充值这样处理：
借：库存现金
贷：其他应付款-食堂-饭卡充值
买菜的钱或食堂其他费用可以从其他应付款中支付
当然支付的款项与其他应付款余额数很可能不等
这样尽可能从其他应付款中支付出去，这样税务检查不会出现异议（食堂产生利润问题），其他应付款中不够支付的部分走管理费用-福利费-食堂费用
具体也可以这样操作：米面油菜发票来时
借：管理费用-福利费-食堂费用（可以再明细些）
贷：其他应付款-食堂
支付时：
借：其他应付款-食堂
贷：库存现金或银行存款
你买菜都有发票，员工吃的不是免费餐，你们做得很好，一是可以避开个税问题，二是福利费税前扣除问题你们也解决了。
文件支撑：国税函[2009]3号

这样的员工食堂可以不独立核算，但一定要单独核算。也就是说，要为员工食堂单独设置账户，进行明细核算。
我建议对食堂的核算采取以下方式：
1、在“其他应收款”科目下建“食堂”二级科目，再在“食堂”下建“公司补助”、“员工交款”、“就餐卡余额”、“周转金”、“采购支出”、“存货”等。根据情况你自己考虑。
2、收到公司的100元补助时：
借：其他应收款--食堂--周转金
贷：其他应收款--食堂--就餐卡余额
3、收到员工交款：
借：其他应收款--食堂--周转金
贷：其他应收款--食堂--就餐卡余额
4、采购支出
借：其他应收款--食堂--采购支出
贷：其他应收款--食堂--周转金
5、入库
借：其他应收款--食堂--存货
贷：其他应收款--食堂--采购支出
6、员工就餐
借：其他应收款--食堂--就餐卡余额
贷：其他应收款--食堂--存货
期末，计算本期收入、支出和结余，根据公司规定处理。

另外，公司的伙食补助，在发放时直接计入“应付职工薪酬--福利费”

支付食堂伙食费是属于应付职工薪酬——职工福利费，员工自己掏钱付企业补贴外的伙食费，可以冲转应付职工薪酬——职工福利费。
比如说食堂实际用了10万元伙食费，帐做到应付职工薪酬——职工福利费，员工自己掏钱2万元，应付职工薪酬——职工福利费就冲掉2万元，企业实际支付应付职工薪酬——职工福利费就是8万元。月末8万元再结转分摊到制造费用或管理费用。