公元2000年8月，葛城考察队到达南极，他们发现的巨大人形生命体，实际上是Adam与Lilith的融合体。葛城的计划是攫取或控制Adam与Lilith的S^2机关，将Adam与Lilith分离并缩小后用于人类未来的补完计划。但是有件事他不知道，Adam与Lilith无论是融合还是分离都会释放巨大的爆炸能量和反ATField力，这就与核聚变与核裂变都会产生大爆炸与冲击波的原理一样，只是爆炸当量不同。所以尽管Adam与Lilith分离所造成的灾难不会灭亡全部人类，但却将杀死地球上的一半人口。而十六年后的第三次冲击是Adam与Lilith的重新融合，整个世界都将再劫难逃了。
一无所知的葛城继续他的分离实验，甚至将自己的女儿也带在身边。九月十二日，得到Seele指示的碇源渡携带资料离开南极，第二天实验便以一场大爆炸告终。强大的反ATField力唤醒了第二使徒，即那张模糊的照片上发出白光的巨人，它张开的巨大翅膀覆盖了整个南半球，魔鬼般的咆哮声中南极化为一片血海，巨大的海啸数小时内就淹没了大片陆地，使数以亿计的人丧生。在这场末日灾难中，只有葛城美里被其父亲奋力解救逃脱，碇源渡随后返回南极顺便救起了她。但碇源渡的主要目的是回收Adam、Lilith、第二使徒，只有朗基奴斯枪被留了下来（患上失语症的葛城美理被关在一艘南极考察船上近两年，似乎回收工作持续时间很长）。第二次冲击引起的连锁灾难直到2002年才渐趋平静下来。地球上的气候也变得怪异，如日本就变成全年皆夏，无论何时都听到蝉的叫声，这恐怕是因为地轴偏转的缘故。
Seele从死海文书中知道第二次冲击唤醒的不光是第二使徒，实际上所有使徒都已苏醒，只是它们还需要一段时间来积蓄能量（第二使徒就是因为能量不足而被制服）。Seele经过调查还发现，冲击发生那一天有一个孩子诞生时有奇怪的现象伴随发生，这个孩子的名字叫做渚薰，于是连忙将他监控起来。这个孩子尽管被教育成非常有修养有魅力的人，但是他时时刻刻都没有忘记自己的真实身份与诞生目的，那是他自由与死亡的宿命
国联正式发表公告，称 9月13日世界规模的大灾害，是由于有10%光速的大
质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击
现实，毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成
的光影中，有一个巨人般的影像……也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中
心，有数对巨大的翅膀
因为使徒的原因吧
所以才会用EVA去迎击使徒
话说EVA是神作哎
亚当造成的
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