我想问一下，不是学建筑专业的，但是在建筑公司上班做材料，可以报考二级建造师吗？

不一定哦，这要看你所学的专业了，关于建造师报名有个专业对照表的，相近专业都可以报名的。你可以对照专业表看看自己专业是否符合或相近。网址如下：http://www.233.com/jzs2/zhinan/20130317/110614958.html
另外报名的时候工作年限也有相应的要求。

相近专业也可以报名，关键是学的专业，否则想报名只能通过其他途径

可以，报考一级建造师可以填写相关专业，报考的工作年限从毕业证上日期开始计算。
报考条件：
1、取得工程类或工程经济类大学专科学历，工作满6年，其中从事建设工程项目施工管理工作满4年。
2、取得工程类或工程经济类大学本科学历，工作满4年，其中从事建设工程项目施工管理工作满3年。
3、取得工程类或工程经济类双学士学位或研究生班毕业，工作满3年，其中从事建设工程项目施工管理工作满2年。
4、取得工程类或工程经济类硕士学位，工作满2年，其中从事建设工程项目施工管理工作满1年。
5、取得工程类或工程经济类博士学位，从事建设工程项目施工管理工作满1年。
综上所诉，你本科毕业，从事建设工程项目施工管理工作满3年，即可报名，报名的时候让公司开一张用工证明。