康熙字典和现代汉语字典使用的是不同的注音系统，而且当时全国各地也没有推广普通话，应该说文字的发音同字形一样，随着人们的不断使用而进一步发展。康熙字典里注音是用的切音系统，很多字有多个切音但是同一含义，而现在发明了声韵母系统，按照字的不同含义有多个音。因此，两者在使用上大部分相同，在文字训诂上已经有了比较大的差异了。
发音应该绝大部分相同，这从古代押韵的文章今天读来依然押韵就可以看出。但个别的一定发生变化了，最明显的莫过于入声字分入阴、阳、上三声。注音方式也不同，古代基本上是同音相注、切等注音，现在则是拼音了。
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