这是一个充满了“雾”的世界，“雾”令怪物出现，但也为这个世界的各种交通工具提供最强大的动力。
自从丈夫死后，亚历山大王国的布拉妮女王便性情大变，而为了找出事情的真相，她的女儿嘉莉特自愿接受了zidane所在的盗贼团伙的所谓“诱拐计划”，而王国将军--忠心耿耿的斯塔纳为了保卫公主也被迫开始跟随这些盗贼一同冒险。
在经历了魔之森的事件后，应嘉莉特所托，Zidane、斯塔纳以及黑魔导士比比避开女王派来追杀他们的黑魔导士，成功地将她送到了林德鲁姆城的希德大公面前。准确地说，是因为遭受不明人士袭击而变成青蛙的希德大公……
希德大公答应帮助嘉莉特调查布拉妮女王为何性情大变。而在此时，布鲁米西亚王国派使者前来向希德大公求救，他们的国家正遭到一群来历不明的黑魔导士的袭击，从对方的描述看来，派遣这批军队入侵布鲁米西亚王国的很可能就是布拉妮女王。
为了帮助Zidane的老朋友---鼠族的芙蕾雅，zidane等人决定跟随芙蕾雅前往布鲁米西亚。不过，嘉莉特与斯塔纳却偷偷离开了众人，想要回到亚历山大查明真相。
当Zidane他们来到布鲁米西亚时，恰好亲眼看到了这个国家被黑魔导士军队入侵后的惨状。出现在王宫中的布拉妮女王证明了这场战争的发起者正是亚历山大王国，而这些黑魔导士的主人则似乎是一个被女王称为“库加”的神秘银发男子。
为了救一个士兵，Zidane等人出现在了布拉妮女王面前，但他们却惨败在了亚历山大王国女将军贝特丽克斯的手下。
而在几天后，嘉莉特与斯塔纳终于回到了亚历山大。嘉莉特本想劝母后停止这些疯狂的行为，但没想到却险些遭到布拉妮的毒手。库加从嘉莉特身上抽取出了他希望得到的召唤兽，布拉妮就是凭借这些召唤兽的力量侵略其他国家的，而她的目的则是夺取所有的“雾”之动力。Zidane等人虽然救出了嘉莉特，可当他们紧急赶回林德鲁姆时，却不幸目睹了林德鲁姆惨遭布拉妮放出的召唤兽灭城的悲剧。
一切线索都指向了站在布拉妮背后的那个叫做库加的男子，他应该就是策划这一切的幕后黑手。而在征服了这块大陆后，贪婪的布拉妮甚至将目光瞄准了其他大陆。不过在此之前，她决定先干掉库加这个神秘的男人。可令她大吃一惊的是，即使是无比强大的龙王巴哈姆特也只不过是让库加流下了一缕血丝而已，之后库加更是不知如何控制了巴哈姆特，令龙王将目标对准了亚历山大军。
布拉妮女王死了，但在临死前她终于恢复了理智，重新变回了那个慈祥温柔的母亲……
嘉莉特强忍着悲痛成为了新的女王，但就在此时，库加却突然对王城发动了袭击。嘉莉特与小召唤士艾可联手召唤出了传说中的召唤兽亚历山大，击败了库加的巴哈姆特。库加本想得到亚历山大，但就在此时，一个被他称为加兰多的老人的出现却完全打乱了他的计划。愤怒的库加一气之下召唤魔眼摧毁了亚历山大以及王城…………
逃到了飞空艇中的Zidane等人避开了这场浩劫，并且得知了进入库加所在的另一个世界---Terra的方法。可当Zidane最终来到Terra后，却惊异地从加兰多口中得知了数个令其难以置信的事实。
被隐藏的历史、两个星球间的羁绊、他的真正身份、他出生的故乡、他生存的目的，以及，他与库加之间的关系……
得知自己命不久矣的库加完全陷入了疯狂状态，他杀死了自己的制造者加兰多，并毁灭了Terra。此时，“雾”已经笼罩了整个盖亚，如果不阻止库加的话，后果将不堪设想。
为了拯救自己的世界，为了拯救自己想保护的人，Zidane乘飞空艇进入了“记忆场所”的水晶。在那里等着他的，是想要将世界回归至无的“永远的暗”，以及……他的哥哥库加……
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