是先扣除门槛费，但是报销比例要看你是不是都用了新农合规定的药，如果是基本上就按比例计算就行，出入也不大，如果有自费药，按比例计算出来就出入很大。自费药是百分之百不报的。现在新农合报账都是系统自动计算的，有时候会跟比例计算的结果有出入。
