A、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，而不是分子重新组合，故A错误；
B、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，故B正确；
C、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，而不是分子间隔发生了改变，故C错误；
D、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，而不是分子运动速率改变，故D错误．
故选：B．
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