分子泵是依靠大量叶片旋转，将动能传给气体分子，是气体分子获得动能，来达到抽真空效果。只能在高真空下才能正常工作，正常启动需要真空度达到5Pa以下。
当真空泵停止运行时，泵内的液体回落到液体源，泵体及吸液管内充满了空气。当再次启动时，叶轮抽吸空气，虽能形成一定的负压，但该负压尚不能将空气下面的液体连带提升上来，因为液体的重力作用，当负压达到一定值时，空气可从叶轮中返回，所以空气无法再从叶轮中抽出。
结构特点
复合式分子泵是涡轮分子泵与牵引分子泵的串联组合，集两种泵的优点于一体。泵在很宽的压力范围内（（10-6～1Pa）具有较大的抽速和较高的压缩比，大大提高了泵的出口压力。法国Alcatle公司生产的一种采用气体静压轴承和动密封的复合分子泵，可以做到完全无油，且不用前级泵直接向大气中排气。
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