首先我们要明确in的意思,in就是“在里面,从里面”,本句话的意思是"我爸爸喜欢看书,书里面是英雄与他们的敌人作战的故事"。如果改为which,就是书是故事,这样很不合逻辑。另外,inwhich充当状语,一般状语是要加介词的,所以要用in,不能直接用which。
关系代词which引导的定语从句,指物,在从句中可以作主语、宾语等。多数情况下,可与that互换。但是要注意当从句中,介词提前只能用which,而且,在非限制性定语从句中,which引导的句子单独翻译为一句话。