A、最初认为遗传物质是蛋白质，是因为蛋白质稳定、蛋白质的多样性．蛋白质的多样性与氨基酸的种类、数量和排列顺序有关，A正确；
B、摩尔根以果蝇为材料，运用了假说-演绎法，并通过实验将基因定位于染色体上，B正确；
C、探究减数分裂中染色体变化的实验用到模型建构的方法制作了细胞分裂的模型，C正确；
D、在含R型菌的培养基中加入S型菌的DNA和DNA酶，DNA酶能将S型菌的DNA水解，因此培养基中不会出现S型菌，D错误．
故选：D．
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