A、新疆地区以荒漠为主，下渗作用强烈，故修复塔里木河下游自然生态系统的水循环环节是下渗，故正确；B、塔里木位于新疆，是内陆干旱地区，降水少，故不符合题意；C、新疆地区气候是温带沙漠气候，全年降水少．在输水的过程中尽量减少蒸发和人为的影响，才能使得输水顺利，故不符合题意；D、新疆地区植被稀少，以荒漠为主，故植物的蒸腾作用较小，也几乎不会影响到输水，故不符合题意．故选：A．
