两者成像原理不一样，透射电镜成像以透射电子成像，要求样品很薄，以便电子束能够透过样品，扫描电镜常用二次电子和背散射电子成像，这两种电子都属于反射电子信号，二次电子是漫散射，背散射电子是弹性散射，两种信号均反映样品的表面信息，其中背散射电子还可以反映成分衬度。因为扫描电镜只反映样品表面信息，所以对样品厚度没有特别要求。
