（1）应通过回收、再生和补充土壤有机质和养分来补充因作物收获而从土壤带走的有机质和土壤养分。
（2）保证施用足够数量的有机肥以维持和提高土壤的肥力、营养平衡和土壤生物活性。
有机肥应主要源于本农场或有机农场（或畜场）；遇特殊情况（如采用集约耕作方式）或处于有机转换期或证实有特殊的养分需求时，经认证机构许可可以购入一部分农场外的肥料。外购的商品有机肥，应通过有机认证或经认证机构许可。
（3）限制使用人粪尿，必须使用时，应当按照相关要求进行充分腐熟和无害化处理，并不得与作物食用部分接触。禁止在叶菜类、块茎类和块根类作物上施用。
（4）天然矿物肥料和生物肥料不得作为系统中营养循环的替代物，矿物肥料只能作为长效肥料并保持其天然组分，禁止采用化学处理提高其溶解性。应严格控制矿物肥料的使用，以防止土壤重金属累积。
（5）有机肥堆制过程中允许添加来自于自然界的微生物，但禁止使用转基因生物及其产品。
（6）禁止使用化学合成肥料和城市污水污泥。
（7）应限制肥料的使用量，以防土壤有害物质累积。
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