三个月还没有回复，才不正常。入管局会尽可能在3个月内给出答复的字样,所以3个月内基本上都能获知结果(补交材料除外),材料齐全没有质疑的通常1个月左右就能下签。
在留资格是3个月有效期，从资格下发到登陆日本。
所以不用着急，先去尽快把护照办下来，然后开始申请签证吧，来得及。不过，提交在留资格需要填写护照号码，没有护照不能提交申请。可以向出入境部门反应你的实际情况，可以酌情加急一点处理的。
一、在留资格认定证明书
办理留学赴日签证，首先在学校同意接收你之后，需要准备一整套完整的材料，递交到日本的入管局，申请“在留资格认定证明书”，俗称“反签证”。反签证通常由所报读的学校代为申请。
在留资格认定证明书自签发之日起有效期为3个月。签证申请人须在该证明书有效期内在所属日本驻华使领馆申办签证，并入境日本，逾期自动作废。申请需要通过本馆所指定的代办机构办理
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