故事开始时场景在马尔福(Lucius
Malfoy)家,斯内普(Snape)和魔法部的一个官员亚克斯利(Yaxley)同时伏地魔知道了哈利·波特打算离开德思礼(Dursley)家的日期。而伏地魔借用了卢修斯(德拉科·马尔福的父亲)的魔杖,因为他自己的魔杖力量不如哈利的。伏地魔打算在哈利搬到安全地点的路上把哈利杀掉,而且当时哈利超过17岁。亚克斯利说哈利会在30号,17岁生日时离开,而斯内普认为哈利应该会早一星期出发。
斯内普说对了,凤凰社打算在哈利17岁生日之前离开德思礼家。那天晚上哈利读到了阿不思·邓布利多(Albus
Dumbledore)的朋友,绰号“狗狗”的多吉(Elphias
"Dogbreath"
Doge)写的讣告,也在报纸上读到了介绍邓布利多家庭的谣言。里面介绍了邓布利多的弟弟阿不福思(Aberforth)和妹妹阿利安娜(Ariana),让哈利十分伤心,他很遗憾没有机会更多地了解邓布利多。
哈利进入与伏地魔意识连通的幻境,找到了一些魂器,但也让伏地魔发觉了他们的行动。哈利又一次进入幻境后推断出伏地魔的居所,三人来到了此地。他们看到伏地魔命令毒蛇除掉斯内普,以把老魔杖魔力传给自己。弥留之际,斯内普把记忆送给哈利,原来他一直爱着哈利的母亲莉莉,因此从来都是站在邓布利多一边。
哈利披上隐身斗篷去与伏地魔战斗,发现海格被押作人质。哈利一现出身来就被阿瓦达索命咒击倒,醒来时彷佛进入一个生与死的边缘,碰到已死的邓布利多。哈利发觉咒语正巧击溃了藏在自己体内的那一部分伏地魔的灵魂。伏地魔命令海格把貌似死了的哈利带回霍格沃茨,杀杀士气。哈利趁乱披上隐身斗篷,纳威敏捷地抽出格来芬多剑砍掉了巨蛇纳吉尼的脑袋,藏在毒蛇体内的伏地魔最后一个魂器就这样被毁掉。哈利在大殿里面直面伏地魔,长老杖在伏地魔手中。哈利猜测长老杖原来的主人不是斯内普而是马尔福,解除邓布利多武装的是马尔福,而斯内普只是依照邓布利多的愿望把他杀掉。然而解除掉马尔福武力的人却是哈利,所以老魔杖真正的力量在哈利这里。所以伏地魔用老魔杖对哈利施死咒时,哈利让死咒又反弹到伏地魔身上,伏地魔就这样被结果了。
19年后,哈利和金妮有了三个孩子,罗恩和赫敏也有两个孩子。两家人在国王十字车站送孩子去霍格华茨学校,在这里他们遇见了不少故人。最终,哈利摸着前额上的闪电形疤痕,19年了,这块疤痕再也没有痛过。一切都好。
还有四天,哈利就要迎来自己十七岁的生日,成为一名真正的魔法师。然而,他不得不提前四天离开女贞路
4号,永远离开这个他曾经生活了将近十七年的地方。凤凰社的成员精心谋划了秘密转移哈利的计划,以防哈利遭到伏地魔及其追随者食死徒的袭击。然而,可怕的意外还是发生了……
与此同时,卷土重来的伏地魔已经染指霍格沃茨魔法学校,占领了魔法部,控制了半个魔法界,形势急转直下……
哈利在罗恩、赫敏的陪伴下,不得不逃亡在外,隐形遁迹。为了完成校长邓布利多的遗命,一直在暗中寻机销毁伏地魔魂器的哈利,意外地获悉如果他们能够拥有传说中的三件死亡圣器,伏地魔将必死无疑。但是,伏地魔也早已开始了寻找老魔杖的行动,并派出众多食死徒,布下天罗地网追捕哈利……
哈利与伏地魔在魔法学校的禁林中相遇了,哈利倒在伏地魔抢先到手的一件致命的圣器之下……
然而,伏地魔未能如愿以偿,魂器不可能战胜纯正的灵魂。哈利赢得了这场殊死较量的最终胜利……