Omnifocus是专门用来做这件事的，emacs的org-mode GTD不是专长。就时间管理而言，如果可以接受 Omnifocus 的复杂度，还是 Omnifocus 功能丰富一些。哪个更优秀还是看你能不能遵循GTD的方法论，软件是次要的。另外如果要求移动版(手机/平板)，那就放弃org-mode吧。这个东西没有移动版。
