等电点是蛋白质的一个重要性质，测定等电点的方法是在不同pH条件下测量蛋白质的电泳迁移率，然后用迁移率对pH作图，对应于迁移率为零的pH就是蛋白质的等电点。按照蛋白质等电点不同而进行分离的电泳方法称为蛋白质等电聚焦电泳。由于其分辨率可达到0.01pH单位，故特别适用于分离分子量相近而等电点不同的蛋白质组分。
控制以下几项：槽液的PH、电导率、固体份、颜基比、温度，电泳时电压
