通常在低温（2～5℃）、干燥、密封条件下，可以较长时间保持种子的寿命。储藏期间种子不宜受潮。种子储藏方法有低温沙藏和水藏保存。
低温沙藏：一些种子采收后，须经低温沙藏处理，才能迅速发芽，如芍药、荷包牡丹、宿根福禄考等。
水藏保存：一些水生宿根花卉的种子宜保存在水中，如睡莲。这类植物的种子一旦变干很易丧失发芽力。
