两种方法，一是如果您父亲今后不回南京了，一直住在南通，而且认为南通医疗条件也可以的话，就直接将医保关系转回南通；二是如果您父亲还会常会南京，而且认为南通的医疗条件不如南京，今后还会回南京看病、养老的，那么就填一张《南京市城镇职工基本医疗保险长期驻外地人员登记表》，交给南京市医保中心就行了。今后如果在南通发生了可报销的医疗费，可以回南京报销。上述两种手续均在水西门医保中心办理。
如果您父亲的单位比较好，对退休人员有专门管理部门的话，也可以问一问，他们会为您父亲办理的，省得您自己跑了。
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