方案1：甲组放在无菌条件下，乙组放在自然条件下，变量环境不同，不是有无细菌，甲组、一组树叶原来有细菌，不能排除原有细菌对实验的影响．故错误；
方案2：甲组灭菌后放在无菌条件下，乙组放在自然条件下，甲组灭菌，乙组没有灭菌，放置环境不同，因此有两个变量．故错误；
方案3：实验前对照组与实验组所处的条件完全相同（都进行灭菌处理）；而实验后，除单一变量（接种与不接种）即有无细菌外，对照组与实验组又处于相同的条件下（无菌的条件）．可见，只有该方案排除了所有影响实验的干扰．因此该方案的实验结果更能说明问题有说服力．故正确．
故选：C
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