根据句子结构判断谁是主语。名词作表语本来一般情况下就可以和主语替换 而意思不变。你的句子第一句是连接代词作主语 符合语法 但不符合英语习惯。第二句是连接代词作表语,符合语法也符合习惯。所以 一般情况下 应该用第二句表达。
I do not know who is the thief?---这句对!因为who是主语,is是谓语,thief 是表语,不能提到前面去。宾语从句是---连词+主谓“I don't know whom(连词) he(主语) is waiting for(谓语)”