我跑过700bp的电泳，用1.5%-2%的胶都是可以的。
电压在120-130V之间，大致时间在30-40分钟。根据你们不同电泳仪的设置，可以观察溴酚兰条带来判断时间。一般溴酚兰接近胶的末端时，就可以了。
另外，有重叠峰的原因比较多。DNA测序可以选择让生工给你做纯化，这样好些。以前我自己纯化的DNA也没有测出。如果还是测序失败，说明DNA有问题。（比如说做的是随机突变的PCR，那么是不可能测出来的）
个人经验，小于1kb的片段我一般用1.2%的胶，可以良好分离。电泳120V，40分钟。我用的电泳槽较大，大约20多厘米。电压也就是4~5V每厘米。你可以试试。
1%~1.5%的琼脂糖都可以
不同的电泳仪设置不一样
一般150V，或者100v/50mA
时间40~50分钟
跑胶分离后要纯化
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