你想的很好，不过你忽略了一点：
我们假设分子间距无穷远时分子势能为零，那么当两个分子靠近时，分子先表现为引力（到后来也会表现为斥力，这时就变成了压缩状态了，不是本题所讨论的范围），那么分子间作用力做正功，分子势能减小，分子势能就成为负值，所以当认为蒸气的分子势能为零时，液态水的势能为负值。所以你说的问题是不矛盾的
顺便说一下，势能是可以为负值的，这是由于你选的零势能参考点不同而导致的
首先纠正分子间距大说明分子间作用力小而不是势能小
势能是力和作用距离之间的关系
力是小了但是距离增加了
本来液体变为气体水 克服吸引力做功了，势能增加。
满意吗
分子间存在范德华力 液态水吸收能量变成气态水 那些能量用来摆脱分子间吸引力
液态水吸收热量变成水蒸汽,吸收的热量用于摆脱分子间的作用力,使水从液态变成气态.
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