室町幕府在行政方面由将军总理一切政务。其下设“管领”，以辅佐将军，一般由足利氏一族的斯波、细川、畠山三氏轮流担任，谓之“三管领”。管领之下有侍所、问注所，政所等机构，而以侍所最为重要。
侍所的首长称“所司”，由山名、一色、京极、赤松四氏担任，谓之“四职”，负责御家人的统治与行政诉讼。“问注所”的首长称“执事”，此机构除保管幕府的记录、文件外，也负责文书的误谬、伪证以及证件遗失等诉讼的审理工作，执事由三善氏子孙世袭。政所首长也称“执事”，此机构与镰仓幕府的政所有所区别，它只主持幕府财政，审理有关买卖、借贷、质押等方面问题。最初执事一职由二阶堂氏担任，后来则由伊势氏世袭。虽有“执事代”辅佐，但伊势氏却又别置“政所代”，使之负责实务，由蜷川氏世袭这一职位。此外又与前代一样设有“平定众”、“引付众”。地方上，在镰仓方面设有“关东御所”，其下有“关东管领”。关东御所原由尊氏长子义诠负责，后来改有次子基氏
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