南孔庙在全国诸多孔庙中是很有地位和特色的。首先，这里的建筑布局以儒教礼制为准则，以“正”为出发点，所以用中轴线对称布局，在大成殿主中轴线旁，另外又有数条次中轴线相依排列，使建筑总体排列整齐，如“正”字。
其次，从建筑规制上看，十分注重伦理等级。虽然南孔庙的建筑规模不及曲阜孔庙，但也有万仞宫墙、庙门、大成门、大成殿、寝殿、崇圣祠、御书楼；孔府等。
