借款纠纷如果确实无法通过协商解决，首先应确认是否曾签订有借款合同，签订合同的可按照合同中的纠纷解决条款到指定的仲裁或法院提起仲裁或诉讼申请。如没有合同，仅有对方签字的借条，可向对方所在地（公司按注册地，个人按户籍所在地）地方法院起诉。
你个人手中保留的对方房产证，并没有实际意义。对方完全可以通过挂失补办等方法重新申领新证。除非当初双方到房产证登记机关办理质押手续，并将质押情况备注在房产证上，才有效。
另外提示要保留你向对方主张权利的证据，确保不错过2年的诉讼时效。
拿上借款协议起诉
凭欠条起诉
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