分子筛的固定相是多空凝胶，小分子会进入凝胶内孔隙，而大分子则在凝胶间隙中流动，因此小分子比大分子走过的路径长，所以走的慢；而SDS电泳则是蛋白质与阴离子表面活性剂结合，降低或者消除了蛋白质的表面电荷，使其带负电荷，同时，在水溶液中SDS-蛋白质都具有相似的结构，而分离胶中的孔径大小一致，因此大分子遇到的阻力比小分子大，所以小分子跑的快。
