基因工程有两个基本的特点：即分子水平上的操作和细胞水平上的表达。
遗传重组是生物进化的推动力，自然界中发生的遗传重组主要是靠有性生殖。基因工程技术的诞生使人们能够在试管里进行分子水平上的操作，构建在自然界生物体内难以进行的重组，然后将重组的遗传物质引入相应的宿主细胞，让其在宿主细胞中进行工作。
这实际上是进行无性繁殖即克隆，所以基因工程通常也称为基因克隆。
