所谓违法必究，国家机关同样如此，他们在行使职权的过程中出现了违法行为，机关的主要负责人会受到处罚。
首先我不管是任何个人或是集体那么说，他在行使法律这个权利的话那么说他如果违规操作的话，那么说他也是相当于是触犯了这个国家的法律一样，也应该受到这个法律的制裁。
回答你的问题，如果国家机关在行使职权时违反了法律规定行为，那么国家机关应如何处理？应该马上停止，不能再继续错下去，而且如果造成的损失或者伤害，应该向受害者进行赔礼道歉和包赔。
所以违法必究执法必严！机关主要负责人会受到惩罚
国家机关也有监督部门监管，他违法了也一定会受到惩罚
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