A、生物多样性包括遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性三个层次，A正确；B、就地保护（建立自然保护区）是对生物多样性最有效的保护，B错误；C、生物与生物间、生物与无机环境间均会相互选择共同进化，C错误；D、保护生物多样性并不意味着禁止对自然资的开发利用，而是要合理开发利用，D错误．故选：A．
