基本上和平行者里的主要人物在原爆点里都出现了。原爆点的事件发生在和平行者1年之后的1975年,MSF得到了Paz的情报,Chico私自跑出去营救Paz反被抓住,因为Paz对MSF的事情知道太多,所以Big Boss要潜入基地将两个人救出来,回基地的途中,Chico发现Paz的腹腔中炸弹计时的声音,Big Boss和机组上的医务人员将炸弹取出。此时正巧也是联合国的审查,MSF紧急处理了所有不利于审查的军事装备以及合金装备ZEKE,但联合国审查只是个幌子,MSF遭到了不明武装的突然袭击,MSF还没来得及反应加上领袖Big Boss不在,MSF基地陷入一片火海,Big Boss赶回也无力回天,只救出了极少一部分人。从昏迷中醒来的Paz告诉Big Boss自己身体还有另一枚炸弹,Paz在最后选择了跳下飞机,然后爆炸的余波导致Big Boss的直升机和另外一架直升机相撞。Big Boss开始陷入了长达9年的昏迷。
关于人物:Big Boss(Snake)、Miller、Chico、Paz这几个人在和平行者里都已经出现过了,本作中的新人物Skull Face(骷髅脸),目前对这个人物基本没有什么太多的信息,官方的注释是“一个没有过去的幽灵”