名侦探柯南中阿笠博士是坏人吗？

　　是 ， 阿笠博士的真面目

　　黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。

　　事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。

　　其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。

　　青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。

　　名侦探柯南中尚未有确切消息证明阿笠博士是组织的幕后老大，所以暂时不是坏人。
　　1.首先，阿笠博士每天都和灰原哀在一起，如果有异常举动，哀肯定会发现。
　　2.柯南多次去阿笠博士家，并且经常说组织的事情，阿笠博士如果是幕后老大的话，也不会让柯南活着。
　　3.阿笠博士还多次帮助柯南，帮柯南研制了变声蝴蝶结，滑板，皮带足球等道具，如果是幕后老大的话，不至于这么帮助柯南，、
　　阿笠博士：
　　日本动漫《名侦探柯南》中人物。自称天才发明家，热衷于科学实验。工藤新一家的邻居，未婚。在新一被变小后，他介绍新一寄宿在毛利小五郎家中，而且还发明了许多设备帮助新一破案，是柯南最信任的理解者、协助者。柯南所使用的道具都是由其发明。现与灰原哀住在一起。爱车是大众甲壳虫。是第一个知道江户川柯南真正身份的人。

青山已经说过阿笠博士不是大boss了，大boss是一个以乌鸦为图腾的家族，第一任组织的首脑是乌丸莲耶。
但是…
阿笠博士在漫画的前期，有很大的可能性被青山定义为组织的boss，不，不是很大可能性，应该百分百就是组织的最大boss，只是因为阿笠博士这个人物塑造得太过于成功，20年来观众对其感情愈发深厚，这一点是青山没有想到的，所以最后改掉了，换了一个可有可无的人物或者家族来替代。原因嘛，很简单，因为在早期动漫中阿笠博士身上实在有太多说不过去的谜团，以及一些暗线。
第一：阿笠博士没有工作，但是住的地方十分豪华，而且研究设备一样不少，看样子不缺钱。要知道柯南这部动漫是比较严谨的，出现这样的事情只能说明一点，就是阿笠博士的钱来路不明。
第二：一个天才发明家，但却一点都不出名。阿笠博士的发明不论放在什么样的社会上都可以说是轰动世界级的成就！如：可追踪眼镜、变声领结、贴纸跟踪器、增强功力运动鞋、便携式可通话侦探徽章等等。
第三：阿笠博士从始至终都没有完整的名字，而且阿笠博士的身世也一直没有交代过，似乎并没有亲人甚至连朋友都没有。
第四：阿笠博士的日文据说拆开重新拼读是福尔摩斯中最大的反派人物莫里亚帝。
还有很对疑点你可以多注意，但现在确实不是了，原因我之前也说过，因为观众对他的感情很深，可能是接受不了阿笠潜伏在柯南身边，所以最后改掉了。

关于文字排列组合的游戏是柯南里面惯用的手段，说博士是坏人也有一定依据，只是这样的结局太出乎意料以至于很多人无法接受变成冷笑话了

网上到是有这一说.....但是那是编的，并不是青山刚昌本人说的。个人觉得不大可能.....