清军首先攻破库车，叛军逃往阿克苏、乌什。两成酋长都关闭城门，拒不接纳，并派人迎接清军。清军不战而下两城，继续追击叛军。沿途村民扶老携幼迎接清军，争献牛酒果品。在清军的有力打击下，大小和卓慌忙西逃帕米尔。清军乘胜追击，叛军纷纷投降。大小和卓又逃往巴达克山，不久，被当地首领擒杀。清政府在边境竖立一座高大的石碑，纪念这次战役的胜利。
清军取得胜利的原因是：大小和卓发动叛乱，是一种分裂行为，它违背历史发展的趋势，是非正义的。清军的斗争符合历史发展的趋势，他们捍卫了祖国的统一，是正义的。
原因是：(1)大小和卓的分裂活动，残杀虐待维吾尔族人民，丧失民心，违背历史的发展趋势，维吾尔等族人民因此支持清军的斗争。(2)清政府的平叛策略正确，只杀叛乱首领，不杀无辜民众，顺应民心。
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