数字PCR是一种DNA绝对定量技术。当前DNA定量有三种，光度法基于DNA分子的吸光度来定量；实时荧光定量也就是real time-PCR基于Ct值，也就是可以检测到荧光值对应的循环数定量；数字PCR是最新的定量技术，他基于单分子PCR方法来采用计数的方法对DNA进行定量，因此是一种绝对定量的工具。主要采用当前分析化学热门研究领域-微流控的方法，将大量的稀释后的DNA溶液分散至芯片的微反应器中，每个反应器的DNA模板数少于或者等于1个。这样经过PCR循环之后，有一个DNA模板的反应器就会亮，没有DNA模板的反应器就是暗的。根据相对比例和反应器的体积，就可以推算出原始溶液的DNA浓度。
数字PCR是一种核酸（DNA和RNA）单分子计数手段，可实现核酸分子的绝对定量。数字PCR的基本原理是，将适度稀释的低浓度核酸样本分装进若干个独立的微反应体系中，由于稀释后靶核酸分子浓度极低，分装的结果使有些微反应体系中无靶核酸分子，有些微反应体系中含有至少1个靶核酸分子。经过PCR扩增，无靶核酸分子的微反应呈阴性，有靶核酸分子的微反应呈阳性。计数阳性微反应的数量，再结合泊松分布概率密度函数，即可得到每个微反应体系中靶核酸分子的平均含量，进而获得样品中靶核酸分子的原始浓度。
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