最简单的办法是直接手动修改。如下。
\begin{equation}
\left\{
\begin{array}{l}
u_{t}=\Delta
u+|u|^{q-1}u-\frac{1}{m(\Omega)}\int_{\Omega}|u|^{q-1}udx\\
\frac{\partial u}{\partial n}=0
\end{array}
\right.\eqno(1.4)
\end{equation}
如果你想改变全部文章的，需要重新定义公式计数器。
\renewcommand\theequation{\arabic{section}.\arabic{equation}}，然后再把equation计数器设为从3开始。
使用amsmath宏包的指令，在导言区加入：
\usepackage{amsmath}
\numberwithin{equation}{section}
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