所谓克服摩擦力做功,意思是摩擦力向前,而物体向后运动,即发生了相对运动,也就是产生了滑动摩擦,这个时候,A相对B运动时,是A克服B的摩擦做功,摩擦生热。只是说的更精确一些而已,实际就是摩擦力做功。
你说的“物体对外做功内能降低”应该是有条件的,它完整的描述应该是物体通过释放内能对外做功,内能减少,比如内燃机就是通过释放燃料混合气体的内能对外做功的。
你上面所说的克服摩擦力做功,本质关系不在于物体的表面温度上升了多少,而在于它是通过什么能量克服摩擦力的。比如汽车就是通过释放燃料混合气体的内能来克服摩擦力的,所以与第一句话的描述仍然不矛盾。