医院原为蚌埠铁路中心医院，隶属上海铁路局蚌埠铁路分局，始建于1949年12月，是该分局卫生系统的医疗、教学、科研以及人才培训中心，也是全国铁路系统建院最早的医院之一。该院在上海铁路局乃至皖东北地区为规模较大，技术力量较强，医疗设备先进，学术水平较高，融医、教、研、防于一体的综合性医院。2000年5月与蚌埠医学院建立了非直属附属医院关系，冠名为“蚌埠医学院第二附属医院”。随着铁路的改革，2004年该院分离出了铁路系统，2004年8月19日，根据皖政秘[2004]91号文件，蚌埠铁路中心医院正式移交蚌埠医学院管理，成为其直属附属医院，正式更名为“蚌埠医学院第二附属医院”，进入安徽省直事业单位管理序列。2011年，经安徽省等级医院评审专家团评审和省卫生厅审定，正式批准蚌埠医学院第二附属医院为省直三级综合性医院。
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