A、蛋白质工程是在基因工程的基础上，延伸出来的第二代基因工程，A正确；B、蛋白质工程的原理是从预期的蛋白质功能出发最终找到脱氧核苷酸序列的过程，B正确；C、蛋白质工程可以通过改造酶的结构，有目的地提高酶的热稳定性，如在T4溶菌酶中引入二硫键提高了它的热稳定性，C正确；D、蛋白质工程可以合成新的蛋白质，D错误．故选：D．
